第二次世界大戰期間，美國隊長和戰略科學儲備部順利擊敗了九頭蛇。兩年後，二次大戰結束，而SSR吸納了德國的科學家，和其他精英人士組成了一個新組織神盾局，美國隊長的女友佩姬卡特和東尼史塔克的父親霍華史塔克成為神盾局的創始人。

本作主要講述佩姬卡特在美國隊長失蹤後，繼續以神盾局特工的身分拯救世界，並描述了神盾局在創始期間的發展。